創薬ターゲットとなりうるタンパク質間相互作用(PPI)探索の受託研究サービス

PPI創薬(Dr. PIAS)

PPIのことならPIAS博士にお任せ

PPI創薬の概要

PPI創薬は、創薬ターゲットとなりうるタンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction; PPI) の網羅的かつ効率的な探索を行い、新規な創薬ターゲットをお客さまにご提案するサービスです。本サービスでは、ファルマデザインが独自に開発した創薬ターゲットとなりうるPPIを効率的に探索するための統合データベースシステムDr. PIAS （Druggable Protein-protein Interaction Assessment System） を活用します。機密保持契約を締結後、ご依頼のテーマを開示いただき、お見積りをさせていただきます。詳細は、弊社までお問合せください。

お知らせ

1. Dr. PIASの公開について(2010年8月25日)

創薬研究に携わるより多くの研究者の皆さまに、創薬研究におけるインシリコ創薬技術の有用性を実感していただくことを目的に、創薬標的候補となりうるPPIを効率よく探索するためのデータベースDr. PIASのインターネットを介した公開を始めました。Dr. PIASへのアクセスは、下のバナーをクリックするか、http://asp.gridasp.net/drpias/index.phpからお願いいたします。

Dr. PIASは、各種の公共データベースから収集したデータに対して、独自のインシリコ技術によって解析した結果をデータベース化したものです。

2. 日本ヒトプロテオーム機構(JHUPO)第7回大会におけるDr. PIASに関連する研究発表について(2009年8月4日)

このたび、日本ヒトプロテオーム機構(JHUPO)第7回大会におきまして、"In silico re-assessment of protein-protein interactions as targets for small molecule drugs"というタイトルでDr. PIASに関連するポスター発表を行いました。発表資料(PDF)はこちらをご覧ください。

3. BMC BioinformaticsにおけるDr. PIASに関連する論文の受理について(2009年8月25日)

このたび、BMC Bioinformaticsに対して、"Assessing the druggability of protein-protein interactions by a supervised machine-learning method"というタイトルでDr. PIASに関連する論文投稿を行い、受理されました。原著論文はこちらをご覧ください。

4. 「蛋白質 核酸 酵素」2009年9月号増刊へのPPI創薬に関する総説の掲載ついて(2009年9月1日)

このたび、共立出版 バイオ先端レビュー誌「蛋白質 核酸 酵素」2009年9月号増刊「融合発展する構造生物学とケミカルバイオロジーの最前線」(長野哲雄・若槻壮市・高木淳一・古谷利夫　編)に、「統合的in silico手法による蛋白質間相互作用の薬剤標的としての可能性の評価」というタイトルで、当社研究員が執筆したPPI創薬に関する総説が掲載されました。

 

Dr. PIASについて

Dr. PIAS(Druggable Protein-protein Interaction Assessment System)は、創薬ターゲットとなりうるPPIを効率よく探索するため、以下のような特長と利点を有しています。

 

Dr. PIASの特長

  • 機械学習法によるPPIの創薬ターゲットとしての可能性評価
  • 検索結果のPPIをもとに、PPIネットワーク図を描画
  • 非常に信頼性の高いデータを収録 (物理的接触を伴い、実験的に確認されたPPI データのみに限定して公共データベースや学術文献等から収集）
  • 現在、約50,000件 （主にヒト、マウス、ラット、ウシ由来のPPIデータ） を収録
  • 各PPIデータに対して、多種多様な立体構造学的情報、FDA承認薬や相互作用化合物を含む医薬品情報、生物学的情報をもとに独自開発のアルゴリズム・プログラムと公共のソフトウェアを用いて解析した結果を格納

 

Dr. PIASを用いた創薬ターゲット探索の利点

  • 疾患に関連するPPIや、すでに研究されているターゲットタンパク質に関連するPPIなど、様々な目的に応じた、ターゲットPPIの探索解析が可能。
  • GUIベースで、「タンパク質名」、「遺伝子名」、「疾患名」、「パスウェイ名」、「薬剤名」など様々なキーワードから検索を行うことが可能。検索結果は、ネットワークによる表示や一覧表示な用途に応じて使い分けが可能。
  • 非常に信頼性の高いデータを収録（物理的接触を伴い、実験的に確認されたPPI データのみに限定して公共データベースや学術文献等から収集）

Dr. PIASのシステム構成

以下にDr. PAISのシステム構成図を示します。Dr. PIASは、各種の公共データベースから収集したデータに対して、独自のインシリコ技術によって解析した結果をデータベースとして格納し、検索システムを追加した構成となっています。様々なキーワードでの検索が可能です。

Dr. PIASは、各種の公共データベースから収集したデータに対して、独自のインシリコ技術によって解析した結果をデータベース化したものです。

 

Dr. PAISの活用例

Dr. PIASの使い方と解析の事例については、こちらをご覧下さい。

 

Dr. PIASのご利用について

創薬研究に携わるより多くの研究者の皆さまに、創薬研究におけるインシリコ創薬技術の有用性を実感していただくことを目的に、創薬標的候補となりうるPPIを効率よく探索するためのデータベースDr. PIASのインターネットを介した公開を開始しました。Dr. PIASへのアクセスは、下のバナーをクリックするか、http://asp.gridasp.net/drpias/index.phpからお願いいたします。

Dr. PIASは、各種の公共データベースから収集したデータに対して、独自のインシリコ技術によって解析した結果をデータベース化したものです。

 

ご参考資料

原著論文

  • Sugaya N, Ikeda K (2009) Assessing the druggability of protein-protein interactions by a supervised machine-learning method. BMC Bioinformatics 10: 263.
  • Sugaya N, Ikeda K, Tashiro T, Takeda S, Otomo J, Ishida Y, Shiratori A, Toyoda A, Noguchi H, Takeda T, Kuhara S, Sakaki Y, Iwayanagi T (2007) An integrative in silico approach for discovering candidates for drug-targetable protein-protein interactions in interactome data. BMC Pharmacol.7(1): 10.

 

学会・展示会発表 (ポスター)

  • Sugaya N, Ikeda K (2009) In silico re-assessment of protein-protein interactions as targets for small molecule drugs. 7th JHUPO Conference 2009 [ポスター (PDF資料)]
  • Sugaya N (2008c) Predicting druggable protein-protein interactions by a machine-learning method. CBI学会2008年大会 [ポスター (PDF資料)]
  • Sugaya N (2008b) Selecting druggable druggable protein-protein interactions by a support vector machine-based machine-learning method. 6th JHUPO Conference 2008 [ポスター (PDF資料)]
  • 菅谷昇義 (2008a) タンパク質間相互作用の創薬標的としての妥当性を評価するシステムの開発とその応用 Biacore Symposium 2008 Japan [ポスター (PDF資料)]
  • Sugaya N, Ikeda K, Tashiro T, Takeda S, Otomo J, Ishida Y, Shiratori A, Iwayanagi T (2007) Discovering druggable protein-protein interactions based on integrativein silicobiology. CBI学会2007年大会 [ポスター (PDF資料)]

 

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