配列類似性検索 (Similarity search)配列類似性検索とは、塩基配列が類似した遺伝子やアミノ酸配列が類似したタンパク質を見出す技術をいいます。 ある遺伝子やタンパク質について、それに配列が類似した遺伝子やタンパク質を見出したい場合、遺伝子の塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列を問い合わせとして配列データベースに対して検索を行なうことがしばしば行われます。 タンパク質では、アミノ酸配列が似ているタンパク質どうしは類似した立体構造や生化学的な機能を持っていることが多いので、配列類似性検索により、立体構造予測や生化学的な機能の予測などが可能になります。 配列類似性検索プログラムで有名なものとしては、BLAST、PSI-BLAST、HMMERなどがあります。 |
