分子動力学法 (Molecular dynamics method)分子動力学法とは、古典力学にもとづいて分子の動的な構造をシミュレートするための手法をいいます。 分子は、実際にはゆらいでいて様々な構造を取ります。これを動的構造と呼びます。分子動力学法は、その動的な構造を古典力学におけるニュートン方程式を解くことにより明らかにするための手法です。インシリコ創薬においては、ターゲットタンパク質の動的な構造を得るために実施します。タンパク質の立体構造はゆらいでおり、バーチャルスクリーニングに使用するポケットの構造も微妙に変化しています。そこで、分子動力学法により、この微妙な変化をしている構造を明らかにし、結合モデルの作成やバーチャルスクリーニングに適用します。 |
