PharmaSBLD

PharmaSBLDについて

PharmaSBLDは、GPCRをはじめとする受容体や酵素などを創薬ターゲットとして、その立体構造に基づくドラッグデザイン (Structure Based Drug Design; SBDD) を行う受託研究サービスです。

PharmaSBLDは、以下のようなサービスを展開しております。

• バーチャルスクリーニングによるヒット化合物の探索^*1
• 活性評価試験を適用した活性・選択性の向上
• 活性化合物の最適化

PharmaSBLDは、上記のうち、「バーチャルスクリーニングによるヒット化合物の探索」を中心に実施しております。また、お客さまのご要望に応じて、活性・選択性の向上や最適化にも対応しております。

^*1 ホモロジーモデリングによる立体構造の構築も含む

バーチャルスクリーニングによるヒット化合物の探索

PharmaSBLDにおける「バーチャルスクリーニング」の概要を以下の図に示します。

ご提示いただいた創薬ターゲットタンパク質に対して、

1. 1. 化合物の性質と多様性解析に基づく絞込み
2. 2. ドッキング選択
3. 3. 目視選択

を実施し、市販の約 400万化合物の中から創薬ターゲットタンパク質に対して活性を持ちうると予測された数十～数百の化合物を、約3～4ヶ月でご提案します (提案化合物群 1) 。

ファルマデザインのバーチャルスクリーニング技術は、以下のような特長を持っています。

• 医薬品として性質のよい （druggableな) 化合物を選択しております
• 創薬ターゲットタンパク質に対して精度の高い構造モデルを構築します
• 当社で改良した精度の良いドッキングプログラムを用いて計算いたします
• 最終段階では経験を積んだ研究員が目視で選択します

なお、創薬ターゲットタンパク質の立体構造が解かれていない場合には、ホモロジーモデリングによる立体構造の構築も対応可能です。

PharmaSBLDの研究事例につきましては、「研究事例1 Death-associated protein kinase （DAPキナーゼ） 阻害化合物探索」 (PDF資料) をご覧ください。

活性評価試験を適用した活性・選択性の向上

PharmaSBLDにおける「活性評価試験を適用した活性・選択性の向上」は、以下のような流れで実施します。

お客さまには、提案化合物群1を使って実際に創薬ターゲットタンパク質に対する活性評価試験を行っていただき、活性評価結果をご提示いただきます。

次に、ファルマデザインは、その活性評価結果に基づき、SAR^*2情報を整理し、ターゲットタンパク質の立体構造情報を活用し、化合物側の活性・選択性向上に必要な部位を予測して、百から数十程度の周辺化合物をご提供します (提案化合物群2) 。

さらに、お客さまには提案化合物群2を用い活性評価試験を行っていただき、ファルマデザインはその結果に基づき周辺化合物をご提案します。

これらの作業を1～2回繰り返すことで、さらに活性・選択性の高い化合物を短期間で得ることができます。

^*2 Structure Activity Relationships

PharmaSBLDの研究事例につきましては、「研究事例2 GPCRアンタゴニスト探索」 (PDF資料) をご覧ください。

活性化合物の最適化 

「活性化合物の最適化」においては、仮想化合物ライブラリを活用したバーチャルスクリーニングを用い、周辺化合物の探索、化合物の新規合成、活性評価を繰り返し、より高い活性を持つ化合物の提案を行います。

ファルマデザインがご提供する、活性化合物の最適化技術の特長は以下の通りです。

• 仮想化合物ライブラリの利用
• 改良型スコア関数、分子動力学計算、分子軌道計算等を適宜利用

PharmaSBLDの研究事例につきましては、「仮想化合物ライブラリの活用」 (PDF資料) をご覧ください。

ご参考資料

• 研究事例1 Death-associated protein kinase （DAP kinase) 阻害化合物探索 (PDF資料) 
• 研究事例2 GPCRアンタゴニスト探索 (PDF資料)
  
• 仮想化合物ライブラリの活用 (PDF資料)