インシリコで予測した生理活性候補ペプチドライブラリ

PharmaGPEP

PharmaGPEPの概要

PharmaGPEPは、創薬ターゲットとして最も有用なタンパク質であるGPCRと結合しうるペプチド候補を、ヒトゲノ ム情報から予測し、さらにそれらを化学合成しご提供するペプチドライブラリです。
ペプチド候補の予測に際しては、ファルマデザイン独自のバイオインフォマ ティクス技術が適用されています。

PharmaGPEPについて

これまでは、動物の生体試料からの生理活性ペプチドの抽出・精製による探索が行われてきました。

この方法の問題点は、ペプチドのサンプルが微量にしか抽出できないことにあり、それにより、例えば、サンプルを大量に必要とするHTS(High Throughput Screening;ハイ・スループット・スクリーニング)には不向きでした。

 従来の方法の問題点は、ペプチドのサンプルが微量にしか抽出できないことにあり、それにより、例えば、サンプルを大量に必要とするHTSには不向きでした。

一方、PharmaGPEPでは、ファルマデザイン独自のバイオインフォマティクス技術を適用して、既知生理活性ペプチドが生合成される法則を導き出し、そのアルゴリズム化し、それをヒトゲノム配列情報に適用して、新たな生理活性ペプチド候補を予測しました。

さらにこれらペプチド候補を化学合成し、ペプチドライブラリの形でご提供いたします。

 PharmaGPEPでは、既知生理活性ペプチドが生合成される法則を導き出し、そのアルゴリズム化し、それをヒトゲノム配列情報に適用して、新たな生理活性ペプチド候補を予測しております。

このようにして作られたPharmaGPEPは、十分な濃度のサンプルを調製することができるため、より高精度なスクリーニングが可能となります。

例えば、従来の生体試料からのケースとは全く異なり、サンプルを大量に必要とするHTSが可能となります

 

PharmaGPEPの特徴

  1. 1.高純度
    HPLC精製を行うことによって不純物の含量が少なくなり、より高精度にペプチド本体の活性を評価することが可能
    平均的な純度はHPLCで約80% (最低純度60%以上)
  2. 2.十分なペプチド含量
    各ペプチドにつき100nmol提供
    濃度依存検討、または多くの検体のアッセイが可能

PharmaGPEPの用途

オーファンGPCRのリガンド探索、イオンチャネルブロッカー探索、その他生理活性物質探索にご利用ください。

 

 

現在販売中のPharmaGPEPには、ver.2Sとver.3SPの二つのバージョンがあります。
以下にそれぞれの詳細を示します。

 

PharmaGPEP ver.2S

PharmaGPEP ver.2Sは、SS結合を持つ生理活性ペプチド候補ライブラリです。

一般的に生理活性ペプチドは、SS結合を持つものが多く知られています*1

ファルマデザインはこの点に着目して、ヒトゲノム情報をもとに一つまたは二つのSS結合を持つ可能性のある生理活性ペプチド候補を探索し、それらを化学合成したペプチドライブラリを開発いたしました。

システインが四つある場合、すなわち二つのSS結合の可能性がある場合は、三通りのSS結合を形成する可能性があります。PharmaGPEP ver.2Sでは、それらを三種類のペプチドしてご提供いたします*2

*1 一般的なタンパク質において、SS結合の関係するシステイン残基数は、全アミノ酸数の約1.9%であるのに対し、既知生理活性ペプチドにおいて、それは約9.7%と、約5倍生理活性ペプチドにおけるSS結合の出現頻度が高くなっています。 (弊社調べ)
*2 アミノ酸配列によってはSS結合が保持できないペプチドもあります。

 

PharmaGPEP  ver.2Sの製品仕様

  •     ペプチド数: 合成ペプチド99種類、
  •     内容量: 100nmol
  •     ペプチドのアミノ酸残基数: 6-40残基 (システイン数は2個もしくは4個)
  •     修飾: 配列的特長から、N末端ピログル化、C末端アミド化処理
  •     純度: 60%以上、平均的な純度は約80% (HPLC)
  •     形態: 凍結乾燥品 
  •     包装: マイクロチューブ/ラック入り
  •     添付データ: 各ペプチドのHPLCデータ、MSデータ添付
  •     希望販売価格: 525万円/セット (消費税込)

PharmaGPEP ver.3SP

これまで、PharmaGPEPは、ver.1、ver2.と開発を重ねてまいりました。
PharmaGPEP ver.3SPでは、更新され精度が高くなったヒトゲノムデータベースのデータに基づき再度ペプチドライブラリの開発を行いました。
さらに、PharmaGPEP ver.3SPには、アミド型ペプチド候補や、新しい予測アルゴリズムとして機械学習による予測結果も追加しております。
以下の図に、PharmaGPEP ver.3SPの開発の流れを示します。

 

更新され精度が高くなったヒトゲノムデータベースのデータに基づき再度ペプチドライブラリの開発を行いました。アミド型ペプチド候補や、新しい予測アルゴリズムとして機械学習による予測結果も追加しております。

 

PharmaGPEP ver.3SPの製品仕様

  • ペプチド数: 合成ペプチド336種類
  • 内容量: 100nmol/ペプチド
  • ペプチドのアミノ酸残基数: 6-40残基
  • 修飾: 配列的特徴から、N末端ピログル化、C末端アミド化処理が含まれます
  • 純度: 平均的な純度は約80% (HPLC)
  • 形態: 凍結乾燥品 
  • 包装: マイクロチューブ/ラック入り
  • 添付データ: 各ペプチドのHPLCデータ、MSデータ添付
  • 希望販売価格: 735万円/セット (消費税込み)
 
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