結合様式 (Binding mode)結合様式とは、リガンドがターゲットタンパク質に結合する際の結合の仕方をいいます。 具体的には、リガンドのどの原子がターゲットタンパク質のどのアミノ酸残基と相互作用しているか、さらにはアミノ酸残基の中のどの原子と相互作用しているかに関する情報のことをいいます。このような情報は、直接的にはX線結晶解析法やNMR法などによるタンパク質とリガンドの複合体の立体構造解析から、間接的には点突然変異実験(タンパク質に点突然変異を与え活性の変動によって、リガンドとの相互作用の変化を知るための実験)やリガンドの一部の構造を変化させた化合物の活性への影響の結果あるいはスペクトル解析の情報などから得られます。 この結合様式に関する情報は合理的なドラッグデザインには欠かせないものであり、精度の高い情報を得ることで、合理的なドラッグデザインによるヒットやリード化合物候補の予測精度を上げることができます。 |
